Benfica B

O Benfica B foi criado 1999 de forma a proporcionar tempo de jogo aos juniores e reservas. Começou a sua actividade na temporada 1999-2000 terminando o campeonato no 13º lugar. Na temporada seguinte, o clube conseguiu melhorar tendencialmente as suas prestações e ficou no 9º lugar. Em 2001-2002 o Benfica B não conseguiu melhor que o 18º lugar, e depois de três temporadas na segunda divisão, desceu para a terceira divisão. Permaneceu nesta competição nas três temporadas seguintes. Na temporada 2004-2005 o clube conseguiu conquistar o 1º lugar da terceira divisão, retornando à segunda divisão. Em 2005 o Benfica B conseguiu ficar no 11º lugar na segunda divisão mas o conselho de administração extinguiu a actividade do clube. Este retornou pouco depois mas a disputar a Liga Intercalar .

S.L. Benfica B

Equipa do S.L. Benfica B em 2012

Em 2012, ainda antes do fim da temporada, vários clubes portugueses mostraram interesse em construir uma equipa B, de forma a, preencher seis lugares que estavam disponíveis na Segunda Liga. Na temporada 2012-2013, foram então selecionados seis clubes para participar na Segunda Liga, inclusive o Benfica B. Na temporada 2012-2013 o Benfica B terminou o campeonato no 7º lugar. Na temporada seguinte, o clube conseguiu melhorar as suas exibições, conseguindo no fim da temporada o 5º lugar. Em 2014 o clube foi convidado para participar na Premier League International Cup na temporada 2014-2015.